生命情報科学若手の会

無事終了のお知らせ: 生命情報科学若手の会・沖縄セミナー

ご参加下さった皆さま、大変ありがとうございました、開催日程中の沖縄県は、幸いながら天候もよく、とくにトラブルに見舞われることなく無事終了することが出来ました。この場を借りて、協賛とサポートを下さった法人・学術団体の皆様に、重ねてお礼を申し上げます。

生命情報科学若手の会
2011 年 9 月 8 日
沖縄科学技術研究基盤整備機構ウェブサイトのニュース記事もご覧ください:

〜当日の様子〜

〜参加学生のレポートより〜

青木裕一(東北大学大学院工学研究科バイオ工学専攻 D1)
今回の生命情報科学若手の会・沖縄セミナーでは、情報解析技術や統計の基礎から、それらを応用した実践的な生命科学研究の内容まで、幅広い知識を学べました。自分は、普段の研究では実験が中心なので、情報科学的な知識は乏しいという立場での参加になりました。しかし、ハンズオンセミナーでは、情報解析をするための環境の準備に十分な時間を割いて丁寧な説明をして下さったため、不慣れな自分でも講義を理解し、情報解析や統計の大切さ・面白さを知ることが出来ました。また、多くの講師の先生方から最先端の研究発表を聞き、生命情報科学研究の面白さを実感することが出来ました。さらに、研究内容のみならず、研究に対する心構えや情報解析の有用性について話を聞けたことも、今後の研究生活への良い刺激となりました。今回のセミナーは、「挑戦したいけど難しそう」と感じていた情報科学的なアプローチを学び始める良いきっかけになりました。旅費サポートや会場の提供を含め、充実したセミナーに参加する機会を与えて下さった関係者の皆様に感謝致します。ありがとうございました。

大久保卓(東北大学大学院生命科学研究科 D1)
私は、環境中の微生物群集構造の研究を中心に研究を進めており、普段から次世代シーケンサーでシーケンスしたメタゲノムデータなどの解析をしております。今後発現解析や微生物ゲノムの決定などに取組みたい考え、基礎的な技術の習得や情報収集を目的に参加しました。現場経験豊富な参加者と直接コミュニケーションをとることができ大変有意義なセミナーとなりました。セミナーで得られた知識や経験は今後の研究を進めるうえで非常に役に立つものであると確信しております。私は微生物の研究をしておりますので、真核生物の研究をしている方々とは、お会いすることは普段はほとんどないのですが、今回のセミナーでは様々な分野の研究者が一堂に集まり、互いの研究を紹介しあうことで自分の視野を広げることができたことも大きな収穫でした。参加者、特に講演者たちのサイエンスへの意識の高さもとても印象に残っております。欧米など他者の後追いではなく、リスクと取って研究を進める勇気を少しだくことができました。最後に、会の企画、運営に携わった方々、資金面でサポートしてくださった方々に、深く感謝の意を表します。

岡野悠太郎(東北大学大学院情報科学研究科情報生物学分野 M1)
9月2日に受けたハンズオンセミナーは,バイオインフォマティクスを研究していくうえで大変価値のあるものだったと思います。
Amazon EC2クラウドでは大量のデータを処理できることがわかりました。通常1台のパソコンで処理しきれないデータも,その1台のパソコンを用いて仮想的にマシンを呼び出して処理ができるので,非常に効率的な印象を受けました。また,パソコンを購入する初期費用がなくなるだけではなく,パソコン設置場所が不要であったり,電源等によるランニングコストの削減にもつながるので,コストの削減にもなると思いました。
BioRuby,Rの講習では,次世代シーケンスデータ解析を行ううえで,基本的な処理手順を学べたと思います。BioRubyでデータを処理して,Rでそれを可視化するという「最強」のステップで重要なデータを洗い出す方法を,実際に手で触れることで実感できました。
9月3日に聴講した研究発表も,様々なバイオインフォマティクス分野の研究や,実際の比較解析などの手法まで具体的に知ることができたので,大変有意義なものであったと思います。
私の研究室自体は基本的にウェットで,プログラミングを活用した情報処理は本当に個人でやっている状況です。それで今回もう少しドライな手法も学びたく,今回のセミナーに参加させていただきました。結果的にはバイオインフォマティクスの持つ高い将来性を知ることができ,私もウェットだけではなく,もう少しドライに力を入れてみようという意欲がわきました。
今回は大変勉強になりました。ありがとうございました。
岡村容伸(東北大学情報科学研究科応用情報科学専攻 M1)
今回の沖縄セミナーに参加することで今までとは違うバイオインフォマティクスの世界を見ることができた。現在はドライ系のラボに所属しているが、今までは我流でやってきたところも大きかったので、今回のセミナーで導入だけでも学ぶことができたので有意義であった。今まで便利なコマンドが存在することを知らずに車輪の再発明をしていたが、すこし調べればコマンドを見つけられることが分かったので、今後はより研究が効率的にできるようになると思う。また、クラウド環境を使うのも思っていた以上に簡単であることが分かったので、機会があれば利用してみたい。
研究会では普段の閉じたラボの中だけでは聞けないような興味深い内容を聞くことができた。学会でも新しい話を聞くことは出来るが、求められる前提知識が高く、情報系の自分には内容を理解するのが難しかった。しかし、今回は学生やバイオインフォマティクスの初学者を対象としていた分、内容を理解しやすく、幅広い話題を聞くことができたのが良かった。
今回の沖縄セミナーでは普段のラボではできない経験をすることができたので、今後も機会があれば参加してみたい。

奥野周(東北大学生命科学研究科 M1)
私は土壌中細菌ゲノムのフィニッシングをしており、ゲノムの膨大なデータを扱うにあたって、テキスト処理が得意なプログラム言語のひとつであるperlを勉強しました。学部時代にCやjavaなどを触っていたこともあって比較的すんなりと基礎部分は習得できたので、それで満足していたのですが、今回のセミナーで「プログラムは覚えるのは目的ではなく手段。自分のやりたいことが出来るようになるなら、新しい言語であろうと覚えて使えるようにするべき」というお話を聞き、目から鱗が落ちる思いでした。もともとperlを主に使用していた中村先生は、現在RubyとRを併せて使うことが多くなったと仰っており、ひとつの言語にこだわり続けることの無意味さとナンセンスさを肌で感じられる体験談でした。自分も毛嫌いせずに次々と吸収していこうと思います。
今回のセミナーを行おうと思われた「今まではそういった環境が無かったため、バイオインフォマティクスを次の世代へ伝える場を持とう」という動機に始まり、講師の皆様の志の高さやエネルギーに大変刺激されました。今後の研究活動によりいっそうの情熱を持って取り組みたいと思います。

津久井隆裕(東北大生命科学研究科 D3)
私たち大学院生がゲノムを扱っているということで、研究室にわざわざ声をかけていただき、この沖縄セミナーに参加させていただきました。私の所属する研究 室はウエットの研究室です。どんな方法でどんなソフトを用いるかとか、設定はどうすればいいのかという疑問と日々格闘する毎日です。そういった中で、こう いう機会を与えて下さったことにはとても感謝しています。
ご存じの通り我々東北大のメンバーは、3月の震災で研究と生活の両面で大きな影響を受けました。学生やその家族で犠牲になられた方もいらっしゃいますし、私のアパートや大学の施設も損傷を受け、大事なサンプルや研究機器も多くが失われました。大学の損失は膨大です。
そういった中、旅費や宿泊費等をサポートしていただき、大変助かりました。どうもありがとうございます。
研究の第一線に立っておられる先生方が創意工夫を重ねて参加者にバイオインフォマティクスの初歩について教えて下さる熱い姿には正直感動致しました。今ま で全くの手探りで勉強していましたが、今回のセミナーがきっかけでもう少し効率的に技術の習得が進むのではないかと思っています。最先端の研究施設である OISTの見学もできて、多くの研究者の方々ともお話しすることが出来ました。沖縄ということでグスクやビーチにも連れて行っていただき、心身ともにリフ レッシュすることも出来ました。今回の経験を踏まえて、研究や知識の普及などでお世話になった分を社会に還元できるよう頑張りたいと思います。
李婕(東北大学医学系研究科生物化学分野 D1)
今回のBioinfoWakate 2011沖縄セミナーに参加して、他分野の先生たちと学生と交流したり、沖縄地元の文化を体験したりして、本当に勉強になりました。そして、サポートしてくださったバイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、JSBi 沖縄地域部会、JSBi 東北地域部会、OIST、(財)沖縄科学技術振興センターに誠に感謝しております。
私はバイオインフォマティクスの初心者で、普段あまりコンピューターの仕事をやっていません。細胞分裂とか巨核球分化のメカニズムをテーマとして研究しています。最初段階で、「Expression Profiler」というサイトを利用して、相関遺伝子の同定を行ったことがあります。なかなかバイオインフォマティクスが神秘で難しい学問だと思っています。今回のセミナーを通して、専門家の先生たちはソフトのインストールから親切に詳しく説明してくださって、初心者の私でも、すこしだけ言語を入力して、RやRubyを使うようになりました。分からない部分がまだたくさんありますが、今回のセミナーをきっかけに、もっとバイオインフォマティクスを学びたいと思います。
発表会のあと、OIST内部のツアー、座喜味城の見学、渡口ビーチのBBQ、懇親会なども行いました。今回の沖縄セミナーは、私の一生忘れられない美しい思い出になります。担当の先生たちに誠にありがとうございます。

前田隼輔(東北大学植物生殖遺伝分野 M1)
今回の生命情報科学若手の会・沖縄セミナーでは、様々なバックグラウンドの方がバイオインフォマティクスに興味を持っている、またはそれを用いて解析したいという理由で参加していることに驚いた。最近では、一度の実験で膨大な量のデータが得られる時代に入っており、これからは得られたデータをどのように解析していくかが重要となり、研究対象に問わずバイオインフォマティクスの手法は必要である。私が所属する研究室も、wetの解析手法がメインであり、実際にdryな手法に触れる機会は少なかった。今回のセミナーでは、まず実際に解析に使うソフトの操作などを教わり、その後解析を行っている講師陣の研究発表を聴講するといった流れで基礎から応用までを知ることができた。
OISTという最先端の研究施設と、最先端の研究内容にふれることができ、非常に興味を持つと共に、バイオインフォマティクスへのハードルが下げられた。今回得られた技術・知識は、繰り返し作業などをコンピュータに実行させることや、データベースなどを有効に活用することで自分の研究に役立てたい。また、このような機会は、研究全体の活性化・高速化が期待され、今後もこのような活動を続けて頂きたいと思うと共に、自らも積極的に取り組み、バイオインフォマティクスを広げていきたい。

泉ひかり(北海道大学水産科学院 M1)
私は修士課程1年ですが、まだウェットな手法しか行っておらず、お恥ずかしいながら、バイオインフォマティクスという分野すら知りませんでした。普段から情報系に携わることがないこのような素人が参加して良いものか、場違いではないかという不安でいっぱいでした。しかし、このセミナーは、学生、若手研究者対象のセミナーということもあり、堅苦しくなく、素人でも参加しやすい雰囲気でした。また、実際に参加して感じましたが、素人にも丁寧に教えてくれる講師の方々、わかりやすい講義、さらに寝食を共にすることで、とてもリラックスして様々なことが学べました。特に、統計などの情報処理の大切さを学びました。私はこのセミナーに参加できて本当によかったと思っています。
興味はあるけど、普段から携わらない分野のセミナーには参加しにくいと感じる学生は少なくないと思います。このような学生のためにもたくさんセミナーを開いてほしいと思います。また、次世代シーケンサー、マイクロアレイから簡単に膨大なデータが得られる今日、その膨大なデータをどのように処理するかが重要になります。迅速かつ的確な情報処理をするためにも、今後、学生・若手研究者がバイオインフォマティクスを学ぶことはとても重要であると思います。

町山麻子(東京大学大学院薬学系研究科 D4)
生命情報科学若手の会主催の沖縄セミナーに旅費サポートを受けて参加しました。本セミナーおよび研究会は、2011年9月1?4日にかけて沖縄科学技術研究基盤整備機構 (OIST) にて開催されました。
ハンズオンセミナーでは、様々な目的に利用できるバイオインフォマティクスの基礎を教えて頂きました。またテーブルチュートリアルでは、東北大の大林先生を中心として、トランスクリプトーム解析について充実した議論をさせていただきました。研究会の発表内容はバラエティに富み、バイオインフォマティクスが生命科学研究に幅広く必要とされていることを実感しました。また、生命情報科学若手の会のスタッフの方々と研究について議論する機会に恵まれ、大変刺激を受けました。本セミナーでの得た知識と経験を、今後の研究活動に活かしていきたいと思います。
最後になりましたが、本セミナーならびに研究会の企画・運営に携わられたスタッフ・講師の皆様に感謝いたします。また、参加にあたって旅費サポートを頂きました、JSBi、バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、OIST、沖縄科学技術振興センターにこの場を借りて御礼申し上げます。また、OISTの案内をしていただいた川島さんに感謝いたします。


『生命情報科学若手の会・沖縄セミナー』 開催のご案内

いよいよ開催2週間前となりました。

また、本セミナーのコンテンツやスケジュールも整いましたので、参加者の皆さんに、メールによるご案内周知とプログラム冊子(PDF)の送信をしました。もし正常にメールが届いておられない方は、生命情報科学若手の会・スタッフメーリングリストまでご連絡を下さい。 このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい

本セミナーでは、東日本大震災被災地の学生を応援したいという思いから、被災地域からの参加学生各氏には、出来る限りの旅費サポートを試みました。本企画に協賛とサポートを下さったバイオインフォマティクスプログラミングコンテスト、JSBi 沖縄地域部会および東北地域部会、Okinawa Institute of Science and Technology (OIST)、財団法人 沖縄科学技術振興センターに、この場を借りて心より御礼を申し上げます。
生命情報科学若手の会
2011 年 8 月 18 日

以下、プログラム集の内容を一部抜粋して記します。

プログラム集(冊子)のイメージ


   

   


初日(9/1)の会場到着までのスケジュール

15:30 那覇空港に到着後の集合: 那覇空港 1F 北側『郵便局』前

16:00 那覇空港→OIST へのバス出発

17:00 OIST 着・会場に集合


セミナーのスケジュール概要

9/1 (木) 17:30~ 開催の挨拶・チュートリアル・研究紹介(川島)、夕食 & 懇親会(自己紹介)

9/2 (金) 09:00~ ハンズオンセミナー1~4、ナイトセッション(ディスカッション & 懇親会)

9/3 (土) 09:00~ 研究発表、エクスカージョン(OIST・座喜味城・渡具知ビーチ)、夕食 & 懇親会(BBQ)

9/4 (日) 09:00~ 閉会の挨拶・解散

ハンズオンセミナー

セミナー1『バイオインフォマティクス環境の整備: Amazon EC2クラウドの活用』

セミナー2『スクリプト言語(BioRuby)を用いた次世代シーケンスデータ解析』

セミナー3『統計解析ソフトRとその活用: 統計の誤用を避けるための基礎を知る』

セミナー4『テーブルチュートリアル: ゲノム/データベース構築/分子構造/進化解析ほか』

研究発表

荒川和晴 (慶應大) 『ヨコヅナクマムシのマルチオミクス解析』

松本光代 (東北大医) 『転写抑制因子Bach1のChIP-seq解析~Wetの研究者が初めて情報解析を行うとき~』

中村昇太 (阪大微生研) 『メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発』

佐瀬英俊 (OIST) 『植物のエピジェネティック変異体とトランスクリプトーム解析』

岩崎渉 (東大大海研) 『大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術』

郷康広 (京大霊長類研) 『霊長類ゲノム・トランスクリプトーム・エキソーム研究』

入江直樹 (理研 CDB) 『進化発生学の古典問題にバイオインフォマティクスで挑む』

佐藤行人 (遺伝研) 『情報解析による仮説提起からサポーティブな野生事例の発見へ: 魚類ミトコンドリア遺伝子配置研究からの一例』

Marine Genomics Seminar Ser. 18th.

“Gene coexpression analysis to explore real gene network.” Dr. Obayashi (Tohoku Univ.)

エクスカーション

OIST・座喜味城・渡具知ビーチ(BBQ & 懇親会)



生命情報科学若手の会・沖縄セミナー(被災地学生全額サポート)のお知らせ

募集は締め切りました,ご応募ありがとうございました.


生命情報科学若手の会は、会の活動の一環として、今年秋(9月1日~4日)に
「生命情報科学若手の会・沖縄セミナー」を開催する予定です。

本セミナーはハンズオンセミナーと意見交換がメインとなっており、いわゆる『ドライ』
な手法に興味がある・すでに行っている、これから活用していきたいと考えている
学生・若手研究者の参加者を募集いたします。

また、被災地の学生を応援したいという願いから、被災地からの参加者に関しては
旅費(交通費+宿泊費)を全額サポートいたします。

* 日時:2011年9月1日(木)~9月4日(日)
* 会場:沖縄科学技術研究基盤整備機構 (OIST)
* 主催:生命情報科学若手の会、OIST(Marine Genomics Unit)

スケジュール

* 9/1 (木) 移動、キックオフ、参加者全員による自己紹介4コマプレゼン
* 9/2 (金) ハンズオンセミナー、オープンスペースによるディスカッション
* 9/3 (土) 研究発表、OIST見学、懇親会
* 9/4 (日) 移動

セミナー内容(予定)

ゲノム解析:細菌ゲノムを例としたゲノム配列の解析手法,メタゲノムを例とした次世代シーケンサデータの解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:荒川和晴 (慶應大),川島武士(OIST),中村昇太 (大阪大) 他
トランスクリプトーム解析:公共データベースやマイクロアレイで取得したトランスクリプトームデータの解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:入江直樹 (理研 CDB),大林武(東北大) 他
進化解析:分子進化解析手法を初歩から講義する.
 講師予定:岩崎渉(東大),佐藤行人(遺伝研)  他

研究発表内容(予定)

  • 川島武士(OIST)
    • OIST サンゴ・褐虫藻のゲノム解読プロジェクトの概要
  • 佐瀬英俊(OIST)
    • 植物のエピジェネティック変異体とトランスクリプトーム解析
  • 荒川和晴 (慶應義塾大学 先端生命科学研究所)
    • ヨコヅナクマムシのマルチオミクス解析
  • 中村昇太 (大阪大学 微生物病研究所)
    • メタゲノミクスを応用した病原体検出システムの開発
  • 入江直樹 (理研 CDB)
    • 脊椎動物ファイロタイプ仮説検証と発生学的構造特性の示唆
  • 岩崎渉(東大)
    • 大規模な生命科学データを解釈するためのバイオインフォマティクス技術
  • 大林武(東北大)
    • 遺伝子共発現の組織比較
  • 佐藤行人(国立遺伝学研究所)
    • 情報解析による仮説提起からサポーティブな野生事例の発見へ: 魚類ミトコンドリア遺伝子配置研究からの一例

 

参加募集

参加登録は次のフォームからお願いします。旅費サポートをご希望される方は通信欄にお書き下さい。
http://goo.gl/6obhK

【被災地域 (全額サポート対象)】
現在 10 ~ 15 人程度サポートできる見込みです。
人数超過の場合には、震災の影響や所属のバランスを考慮しつつ、
北関東および東北地域の学生を優先いたします。

【一般参加】
旅費のサポートはございませんが、若手研究者(学生、ポスドクなど)の参加を募集します。

【講師募集】
旅費のサポートはございませんが、ハンズオンセミナーの講師をしていただける方を募集いたします。
被災地の学生を応援するため、ご協力をお願いいたします。
講師としての参加をご希望の場合は、可能なハンズオンセミナーの仮題を合わせてご連絡ください。
* 備考:PCは持参でお願いします
※ 本セミナーは JSBi 沖縄地域部会、JSBi 東北地域部会、OIST、(財)沖縄科学技術振興センターのサポートを受けています。

以上、よろしくお願いいたします。
お問い合わせは,生命情報科学若手の会・スタッフメーリングリストまで
このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい

生命情報科学若手の会
http://bioinfowakate.org/