生命情報科学若手の会

第4回研究会

基礎生物学研究所共同利用研究研究会

生命情報科学若手の会 第4回研究会

共催:新学術領域「複合適応形質進化」オープンセミナー
会期:2013年3月1日(金)-3日(日)
会場:
岡崎コンファレンスセンター・中会議室

閉会のお知らせ

去る2013年3月1日-3日、岡崎コンファレンスセンターにて第4回研究会(年会)が開催されました。

生命情報科学は急激な成長を続けています。若手の会も今回は前回の2倍近い若手研究者・大学院生が参加し(23大学5研究所4民間会社より79名)、69の口頭発表ならびに同数のポスター発表が行われました。また2つの招待講演(堀川さんの招待講演は残念ながら航空機の欠航のため当日キャンセルとなりました)、4つのスポンサードセミナー、ワールドカフェ形式での全体討論が行われました。

会期中は様々なトピックに渡って多くの議論が交わされました。特に、いわゆるウェットとドライの「必然的な」融合を起こすこと、そうして分野を越えた研究プロジェクトをデザインしていくことが、生命情報科学分野を開拓する若手にとって重要であることが改めて指摘されました。

開催にあたってご支援・ご協力をいただいた自然科学研究機構・基礎生物学研究所、新学術領域研究複合適応形質進化の遺伝子基盤解明、日本バイオインフォマティクス学会東北地域部会、タカラバイオ株式会社、BGI Japan 株式会社、イルミナ株式会社、トミーデジタルバイオロジー株式会社、株式会社ダイナコム、スケーラブルシステムズ株式会社、スパイバー株式会社、日本SGI株式会社、和光純薬工業株式会社 、日本ジェネティクス株式会社の各位に感謝申し上げます。

生命情報科学若手の会 スタッフ一同

〜当日の様子〜


生命情報科学若手の会第4回研究会 集合写真


口頭発表の様子。全員が口頭発表とポスター発表を行います。


発表に聞き入る参加者


京都大学 奥田覚さんの招待講演「多細胞間の力学的相互作用に基づく三次元組織形成シミュレーション」


Harvard University 西田敬二さんの招待講演「新しい生命体は新しい場を感知する、か?」


若手の会恒例、途切れずに大いに盛り上がる質疑


ポスターセッションより


休憩時間に自然発生する交流の輪


その場で始まるディスカッション


企業と若手研究者が対談形式で率直に意見を交わす新しい試み「NGSテクノロジー総合ディスカッション」


ワールドカフェ形式での全体ディスカッション


クロージング。現地スタッフに感謝!

〜旅費サポートを受けた参加者の参加レポートより〜

尾崎 遼
東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻・博士一年
以前に参加した後輩から話を聞き,今回初めて参加しました.正直なところ,参加するまでは「生命情報科学」なるものが存在しているのか実感できずにいました.しかし,(プログラムを見れば分かるように)参加者の研究対象・アプローチ・ゴールが多様であるにも関わらず,そのような垣根を飛び越えて白熱した議論が展開されるのを目の当たりにし,確かに生命情報科学と呼べるような共通前提は存在するのだと思うようになりました.
プログラムは口頭発表とポスターセッションが高密度に朝から晩まで三日間を通して配置されており,最初はそのスピードに追いつくの必死でした.しかし,だんだん慣れてきて,最後にはそのスピードが楽しくなりました.
この会では,幅広い年齢層の方(大学院生や若いポスドクからアカポスまで)が参加されているのが「若手の会」としては珍しいと思いました.これにより発表内容に厚みが増すとともに,(単に同じ年齢の人間との横の繋がりだけでなく)年齢が少し高めの方々との斜めの関係(?)も作ることができたと思います.
今回,発表内容が未熟であるにもかかわらず,何人もの方に貴重なアドバイスをいただけたことが大変ありがたかったです.このような機会を与えてくださった,旅費のサポートをしていただいた方々とスタッフの皆さまに感謝申し上げます.

松本 拡高
東京大学・情報生命科学専攻
昨年度に続き、本会に参加させていただくのは2回目となりました。昨年度に比べ参加者は2倍くらいで、これほどまでの大人数だったにも関わらず、特に問題もなく会場から宿泊施設まで滞りなく準備されており、スタッフの皆様には深く感謝申し上げたいです。
昨年度も感じましたが、本会は研究テーマもそれに対するアプローチも非常に多岐にわたり、精力的な研究が多く、ただ単に自分の研究に役立ちそうだとういだけでなく、多くの意味で興味を掻きたてられる発表ばかりでとても楽しかったです。
また研究発表以外でも、バイオインフォマティクスの未来や研究者としてのキャリアなど様々なテーマにわたり密度の高い議論や交流が出来て、非常に参考になりました。

松井 求
慶應義塾大学先端生命科学研究所 D3
今回初めて若手の会に参加させていただきました.まず,旅費をサポートしていただいたJSBiを始め,本研究会の運営にあたられたスタッフの皆様,ご支援いただいたスポンサー各位,また共に闊達な議論をしていただいた参加者の皆様に感謝申し上げます.
私はRNAを中心とした生命システムの解明,そしてその進化的な成立過程に特に興味があるのですが,特にRNA biologyはNGSの発展にともない加速度的に進展している分野であるため,そこに埋もれて自らの研究方針を見失ったり,あるいは自信を失うなどしがちでした.そのため今回,現場で奮闘している多くの若手研究者から様々な切り口からのアプローチやアイディアを聞く事ができたのは自分にとって非常に刺激になりました.一方で進化について議論する時はつい調子にのって「夢物語」の類いまで話してしまう事が多々あるのですが,むしろそれを口上することが積極的に許されるこのような会は居心地が良く,そしていくつかの(おそらく)重要な着想を得る事もできました.
このように3日間かけて幅広い分野の若手研究者とじっくり議論する事ができましたが,どれもライブ感があり,意見は非常に的確で,やはり研究室の中心は「若手」なのだと感じました.次回の研究会にも是非参加させていただきたいと思います.どうぞ宜しくお願い致します.

仲木 竜
東京大学・先端科学技術研究センター・ゲノムサイエンス分野 博士課程1年
昨年からバイオインフォマティックス学会に参加し、今回初めて学会の主催する研究会に参加した。そこでは、2つの大きな驚きを感じた。1つ目はその活気であった。研究発表が主体である大きな会議とは異なり、それぞれの発表に対してコメントや改善案が湧き隔てなく飛び交い、研究の質の向上以外に自分の研究にどのように活かすことができるのかといった前向きな姿勢が感じられた。もう1つは、その多様性だった。これまで、バイオインフォマティックスとは分子生物学関連データを扱うものが主であると認識していたが、参加者の研究内容を聞いてフィールドワークや形態学まで対象は様々であることに驚いた。
更に、最後の自由討論は、個人的には今回の研究会の中で最も有意義なイベントの1つであったと感じている。そこでは、会場の全員が参加し、真剣に本分野の問題点や方向性について議論した。これは、既に確立した研究分野にとってはあまり重要な事ではないのかもしれない。しかしながら、今回は特に次世代シーケンサー関連の研究が多かったように、話題の中心は近年の技術発展に伴うものであり、分野体系自体がまだまだ確立しておらず誰もが開拓者といってもいい。実際に、様々なビジョンを持った人達と議論を交わすことにより、今後自分達が本分野を牽引していかないといけないという実感が湧いた。今回の研究会は、本分野に属する自分の意識を改革する上でとても重要な意味を持っていたと考えている。

嶋路 耕平
京都工芸繊維大学大学院M1
平成25年3月1日から3日にかけて岡崎コンファレンスセンターにて生命情報科学若手の会 第4回研究会が催されました。研究発表には「メタゲノム・病態解析」「モデリング」「進化」「エピゲノム」等の議題があり、その他にも特別講演や企業セミナーからテーブルディスカッションといった討論会まであり、非常に内容の濃い研究会でした。
私自身は情報処理解析に対する知識がほぼ皆無であるのも関わらずRNA-seqに携わることとなり、解析についての情報を仕入れる目的で本研究会に参加させていただいたのですが、解析についての幅広い情報を得られただけでなく、討論会や特別講演を通じて、生命情報科学という学問が切り開こうとしている新領域や、それとともに直面している課題といった俯瞰的な情報も得ることができました。そのような俯瞰的な知識はこれからますます情報処理解析が必要となる生命科学の研究をするにあたって必須となる知識であり、また、視野が狭まっていた自身の研究を見つめ直す良い機会となったと思います。
最後に、進行やセッティングなど、研究会を運営する上で尽力していただいたスタッフの皆様にお礼を申し上げます。

大上雅史
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻 博士課程2年
生命情報科学若手の会の研究会への参加は今回で3回目,スタッフとしての参加はこれで2回目となります.分野の隔たりなく交わされる多くの議論と提案の数々に驚きの連続で,今回の研究会も非常に楽しみにしておりました.今年は期間が3日間となり,参加者は約80名と前回の倍になりましたが,この会の持ち味である全員発表による交流促進は全く失われることなく,分野の拡がりと技術の革新が実感できる充実した会であったと思います.
参加者それぞれの研究発表もさることながら,全体企画のワールドカフェ形式による議論は非常にエキサイティングでした.「若手こそが開拓者である」という荒川代表の言葉にもあるように,数ある生命情報科学の課題は,我々が先導し,解決していくことが求められていると思います.ワールドカフェでは生命情報科学の教育という問題を中心に多彩なテーマが設定され,議論が重ねられました.私は「初等教育」や「教材」をテーマとしたテーブルに参加しましたが,いわゆる伝統的な生物学の教育に数理・情報科学を取り込むことや,webサービスの活用など多くの提案が生まれ,有意義な時間であったと感じています.
最後になりますが,共催・協賛などのサポートを頂いた,基礎生物学研究所,新学術領域研究「複合適応形質進化」,JSBi東北地域部会,10社の各企業に,厚く御礼申し上げます.

栗崎 政希
名古屋市立大学大学院システム自然科学研究科・博士後期課程1年
私は今回が初参加で初めは不安でいっぱいでしたが、同年代の研究者の方とも知り合うこともでき、最終的には参加して良かったと思っています。若手の会と言うだけあり、学会と違った非常にフランクな雰囲気で議論が行われていた所が面白かったです。また、同年代の研究者の発表や話を聞くことにより、こちらとしても触発される点がたくさんありました。
私自身はLightning Talkに参加し、他の研究者に比べて質素な内容かな、これで分かってもらえるのかと思っていましたが、その後に行われはポスター発表ではたくさんのご意見を頂けたことが励みになりました。それだけでなく、懇親会などの場においてもたくさんの研究者の方に研究内容について訪ねられたり、逆に聞くことができたことはとてもよい経験になりました。
最後にこの研究会を開催してくださったスタッフの皆様、本当にありがとうございました。

細金 正樹
東北大・大学院生
私は実験系の研究室に所属しており、次世代シーケンサーの利用によって大規模データを取得しています。しかしながら、データは取得できるものの解析技術がわからないという悩みを抱えていました。こういった現状を変える第一歩として、今回初めて生命情報科学若手の会に参加させていただきました。
研究会には自分と同じような悩みを抱えている研究者や、解析技術を開発する研究者、すでに大規模データから興味深い発見をしている研究者など様々なバックグラウンドの参加者がおり、所属研究室では味わえない新鮮な視点の議論がありました。生物学の研究対象は多様で、個々人の興味は様々ですが、生命情報科学という共通意識を持って分野の違う研究者が集まることで生まれる相乗効果を感じました。一方で、生物情報科学は様々な分野の融合領域なので、バックグラウンドの異なる研究者間での情報交換を円滑に進める工夫が重要と感じました。
今回、旅費のサポートのおかげで、自分の興味に素直に従って参加することができました。サポートしてくださった方々には深く感謝いたします。

長井 陽子
東海大学・ボスドク
今回初めて生命情報科学若手の会に参加させて頂いたが、新しい分野に切り込む若くて力強い発表が聞けて大変面白かった。ウェット(生化学的実験手法)からドライ(機械によるデータ解析)へと研究分野を変えたバイオインフォ研究者が多く、研究発表以外の場でも面白く刺激的な話を色々と聞けた。

河口 理紗
東大・新領域・情報生命 修士1年
今回が初めての参加でしたが、前回参加していた方から活発で自由な雰囲気の研究会であると聞いていたので楽しみにしていました。
発表は一口に生命情報とは言ってもゲノム解析から数理生物、系統分類など多様で、特にあまり知らない分野の方に直接お話を聞いたりすることもでき大変勉強になりました。また逆に自分の研究分野であるRNAにおいて人の輪が広がり、研究についても多くのアドバイスを頂けました。これらはぜひ今後の研究に生かしていきたいとおもっています。
また参加者の方々の発表後の質問でも自分が疑問に思わなかった点への突っ込みが何度もあり、いろいろな視点を持った方が参加しているんだなと思うと同時に目を開かせていただきました。
最後に運営について。研究会ともなると不都合が各種で起こるというイメージがありましたが、大変快適な3日間を送らせていただきました。この場をお借りして感謝を述べさせて頂きたいと思います。ありがとうございました。

原 雄一郎
産総研・BIRC
昨年初めて参加し、活気と発表のレベルの高さに惹かれ今年も参加いたしました。今年はさらに参加人数が増えたにもかかわらず、スタッフの皆様方の運営は素晴らしく、昨年に増して盛況だったと思います。初めて議論を交わす方や自身の研究に刺激になる発表など、今年も大いに収穫がありました。また私の専門分野の面白さを少しでも参加者の皆さんにお伝えできていれば幸いです。研究会には、普段の学会より議論を活発にそして萌芽性を大切にという文化が育っており、若手の会ならではの進行や企画だけではなく、参加者の発表自体にもその文化が反映されているように感じました。生命情報科学は学際的な分野と位置付けられることが多く、ドライとウェットが未だ分断されているようにも感じられます。しかし、若手の会では「ドライ&ウェット」は既にプラットフォームであることを実感いたしました。このことは、荒川さんがおっしゃる「生命情報科学は若手こそが開拓者」であることを強く裏付けているのではないでしょうか。
最後になりますが、若手の会スタッフの皆様、基生研、ならびにスポンサーの皆様に厚く御礼申し上げます。

新土 優樹
慶應・M1
昨年の第3回年会に引き続き、今回旅費サポートを受け第4回年会に参加させていただきました。また微力ではありますが、今回からスタッフとして年会の運営に関わらせていただきました。まずはじめに、年会開催において多大なるサポートをいただきました、スポンサー各位に心より御礼申し上げます。
今年の年会は昨年よりも参加者が大幅に増え、それに伴い発表の多様性もますます豊富になったという印象を受けました。また、新学術領域研究課題「複合適応形質進化の遺伝子基盤解明」との一部共催ということもあり、非モデル生物の進化に焦点をあてた研究が多かったというのが今年の特色であったように感じます。2泊3日という日程でしたが、初日から深夜まで議論が止むことはなく、この辺りも若手の会ならではの魅力だと感じています。次回の年会にもぜひ参加したいと思っています。

脇坂 啓子
京都工芸繊維大学 バイオ資源学大学院生
生命情報科学若手の会に初めて参加させていただきました。
10月から始めた研究の次のステップに、次世代シークエンスを使う必要がありました。そのため、次世代シークエンスによる解析の参考にさせていただくことが、参加の目的でした。
次世代シークエンスについてたくさんのお話が聞けてよかったと思います。途中経過でも発表できたおかげで、企業の方にもたくさんのアドバイスをいただけました。ほかの方の未完成の研究も大変興味深く聞かせていただきました。
3日間のスケジュールでしたが、内容が濃く、大変満足しました。雰囲気も和やかで、良かったです。スッタフの皆様には、ご尽力いただき大変感謝致します。また、ぜひ参加させていただきたいです。

梶田 真司
東京大学・学生
生命情報科学若手の会に初めて参加させていただきました。バイオインフォマティクスの方が多い研究会という印象ですが、私の研究は数理モデルの研究でしたのでどういう貢献ができるのか考えていました。そのときに第4回研究会のwebサイトで「開催にあたって」という文章で「情報学的視点」という言葉を読み、私は細胞の情報処理機構のモデルを発表・議論することを目的に参加することにしました。実際に参加するとバイオインフォに限らず物理、システム生物学、生態学など様々な分野の方がいて活発な議論が行われており、分野の壁を感じずに楽しく交流する中で新たな理解・疑問など収穫がたくさんありました。今後も生命情報科学若手の会には多岐に渡る研究内容の方が集まると思うのですが、生命を"情報学的視点"から理解することを目指す参加者たちがそれぞれの情報学的視点を持ち寄り議論する会としての特色を持って、ますます発展していくのではないかと期待しております。最後に会の運営に携わったスタッフの方々、旅費サポートをしてくださった基礎生物学研究所、他スポンサーの方々に感謝致します。

寺田 愛花
東京工業大学 大学院情報理工学研究科 D2
私の専攻が計算工学であることもあり、実際に実験に携わっている研究者の方々と交流する機会は多くありません。このため、ウェット系の研究にも携わっている研究者の方々と交流するのを楽しみに、今回、初めて生命情報科学若手の会に参加させていただきました。研究会では、期待した通り、ドライ系・ウェット系など関係なく、各発表に対して非常に活発な議論が繰り広げられていました。学生と若手の研究者の間に、垣根が無いことも印象的でした。私自身の研究に関しても、多彩なバックグラウンドの方々から意見をもらうことができ、非常に良い刺激となりました。また、最終日の全体企画では、生命情報科学が抱えている問題点などを討論でき、どうすればこの分野がより一層盛り上がるのか考える良い機会となりました。今回、研究会に参加したことで、研究に関しても、生命情報科学の展望に関しても、研究室ではできない議論ができ、非常に充実した研究会でした。このような素晴らしい会を主催してくださった皆様に、深く感謝いたします。

赤司 寛志
東北大院、生命科学、博士課程後期一年
私は、今回生命情報科学若手の会に初めて参加しました。最初は、自分の研究内容を発表することはこの研究会に適しているのかということばかり考えていました。実際は、私の研究とはバックグラウンドがことなっていたにも関わらず、たくさんのアドバイスをいただくことができ、非常に有益だったと感じています。さらに、自分の研究に対してだけではなく、自分と似た手法を用いた最新の研究についても学ばさせていただくことができたことは、とてもプラスに働いたと思います。これからバイオインフォを始めたいと思っている方、現在使いこなせずに悩んでいる方、そして熟知している方など、多くの方が参加していたこともあり、なかなか聞くことができないような意見や質問はまさに研究会ならではだったと思います。さらに、次世代シークエンサーを扱っている企業の方のお話も聞くことができ、バイオインフォを熟知している方にとっても新しいことを得ることができる場が提供されているように思いました。またまだバイオインフォを使いこなすには時間がかかりそうですが、このような研究会があることでよりいっそう理解が深まることは間違いないと確信しています。

西宮 攻
北海道大学 大学院水産科学院 D2
私は、水産学部であり研究分野もウェットでしたが、隣の研究室の先輩に誘われたのをきっかけに、研究会に参加するに至りました。本研究会は、多方面の研究分野の方々が講演していることもあり、始めはほとんどの講演内容の理解が難しいことに困惑していました。しかし、気になった講演の内容は後で演者に解説して貰えたこともあり、最終的には他分野への興味や理解が深まり有意義なものになりました。また、その中で自分とは異なる分野の研究者と知り合えたこともとても大きな収穫です。
そして、本研究会に参加して最も素晴らしく思えたのは、大学・企業・身分そして研究分野など様々な枠を超えて、皆が対等に議論しあえた点です。今後は、生命情報科学に限らず、日本のあらゆる科学研究分野を進展していくには、本研究会のようにある特定の分野に限らず、他分野の人が集まり議論していくことが重要であることを感じました。本当に勉強になりました。ここで得たことは、今後の研究生活に活かしていきたいです。
最後に、本研究会を企画・運営してくださったスタッフに厚くお礼を申し上げます。旅費サポートについても非常に助かりました。誠に有難うございました。

山本 宗隆
大阪大学医学部・学部生
初めてこの会に参加させていただきました。私はwetの実験室に所属していますが、dryにも関わっています。普段、研究室ではwetな研究の話題について聞く機会が多くdryの研究に触れる機会がほとんどないため、今回の研究会は大変貴重な機会だったと思います。
発表内容の分野は多岐にわたりとても興味深く、大変刺激となりました。また質問が活発になされて大変活気のある研究会と感じました。私自身は3分のLightning Talkとポスター発表をさせていただき、ポスターセッションの際に多くの方から意見をいただき、研究を進めていく上でのヒントを数多く得ることができました。また、質問させていただいた際には、どなた方からも丁寧に教えていただき大変参考になりました。今回得られたことを今後の研究に生かしていきたいと思います。最後になりましたが、この研究会を運営してくださったスタッフやスポンサーの皆様、また、旅費サポートをしてくださった基礎生物学研究所に感謝申し上げます。

田島 直幸
東京大学大学院総合文化研究科D2
今回初めて生命情報科学若手の会に参加しました。今回は前回の2倍ほどの人が参加したそうでとても活気あふれる会だったと思います。さらにそのたくさんの人々が異なる分野、興味、研究対象、研究手法などでもって発表するので普段とは異なる刺激を受け、大変勉強になりました。また、次世代シーケンサーの使い方も本当にさまざまでこのような使い方があるのかと思いました。と同時にこれだけいろいろと面白い発表があるのだからそれをもっと広く発表できたらなと思いました。すごい機械やパソコンを使って見ることのできる、生物の世界に対する一般的認知度を上げることは今後の研究生活の無駄にはならないと思います。自分はいい企画を考えることはできませんが何かお手伝いできたらと思いました。最後にスタッフの方々には大変親切にしていただきありがとうございました。

長谷川 優
北海道大学農学部,学部3年生
今回若手の会に初めて参加させて頂きましたが、’初めて’の連発でした。ポスター発表も、授業以外でプレゼンテーションをさせて頂くのも全て初めてでしたので、非常に勉強になりました。若手の会は、生命情報科学だけでなく幅広い分野で活躍されている研究者の方々の発表に触れられるのはもちろんのこと、研究者の皆さんと遠慮なく議論し交流出来る雰囲気をもつ点がユニークだと感じました。大学で勉強をする中で、このような機会をずっと望んでいました。今専攻している分野以外に自分の研究したいことがあるのではないか。現在の研究手法以外によりよい方法があるのではないか。 一つ質問すると十(以上)返答して下さるような親切な方ばかりで、様々な疑問を考察する上で重要なヒントを多く得ることが出来ました。また若手の会を通して、多くの人と知り合うことが出来たことを非常に嬉しく思います。北海道に戻った後も、私が興味のある分野で著名な研究者を紹介して下さったり、現在の研究で必要な手法を教えて下さいました。この会が素晴らしいものであったと強く感じます。改めましてこのような機会を頂けましたことをありがたく思うと同時に、サポートして頂いたスタッフの皆様、スポンサーの皆様に感謝を伝えたいと思います。

川島 一公
広島大学大学院・特別研究員
Wetの研究が主体である私が,生命情報科学若手の会第4回研究会に参加して得たことは,大別して3つあります.まず,①Dryの方が何を面白いと感じておられるか.そして,②Wet出身の私自身が,どのようなバックグラウンドを持ってDryの方とディスカッションすればよいか.最後に③Dryの必要性をこれまで以上に強く感じたということです.
①に関しては,Wetの分野と比較して興味を持つ部分が少し異なるということです.Wetでは,現象を分子生物学等に落とし込む定量的なアプローチであるのに対し,Dryの方は,Wetデータを用いて理論的に予測し,定性的なアプローチをとっておられることでした.
②に関しては,Dryの方と研究を進めていくに当たり,Java,Cなどの基礎言語の最低限の知識,数式の意味は熟知していないといけないと知り,私自身さらに勉強を進める意欲を強くさせて頂きました.
③では,Wet側の私個人が感じていることですが,分子レベルで定量を続けてきても,それを再構築するためには,現象の近似と,拡張性を持つ理論の構築は必要ではないかと感じておりました.今回この研究会に参加させていただいたことで,Dryの分野は発展途上で今が一番面白いということを再確認させていただき,私自身,オリジナルな分野においてさらに研究を進めていきたいと強く思うようになりました.

鈴木 脩司
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
今回も旅費のサポートのお陰で問題なく参加することができました。私自身、情報系からバイオインフォマティクスという分野に飛び込み、ツールの開発が主で生物の議論はあまりすることがありません。このため、この研究会で生物系の人が多く見受けられ、自分とは違う視点での議論が多くて非常におもしろかったです。そしてこの生命情報という分野で生物、もしくは情報だけの知識では太刀打ちすることは難しく、両方の知識が必要であると改めて感じました。また、前回とは違い、LTの直後にLTの方たちだけのポスター発表があり、疑問に思ったことがすぐに質問できて非常に議論がもりあがりました。そして情報よりの発表も前回よりもあり、自分の研究でも役に立ちそうなお話が聞けたため、非常に参考になった。また、同時に私が作っているツールが目的としている解析をやっている方もおり、私自身が行ってきた研究がどのように役に立つのか実感することができ、更に研究を頑張っていこうというと思ういい機会になりました。今後もこのような会があればまた参加してみたいと思っています。

神庭圭佑
京大・D1
今回初めて生命情報若手の会に参加させていただきました。私自身は現在はバイオインフォマティクスの技術を用いた研究アプローチを取っておりませんが、バイオインフォマティクスの世界に触れ、その技法や考え方を習得して自分の研究の幅を広げたいと考え、参加させていただきました。バックグラウンドが生物物理ということもあり、初めはお門違いではないのかと不安に思うこともありました。でも、終わってみればそんなこと気にすることなく、気軽に議論に加わらせていただきました。普段聞くことのないバイオインフォマティクスの最前線の話題に触れることができ、大変刺激になりました。将来を見据えてどういう研究能力をつけるのかを改めて考える良い機会になりました。また、参加者、スタッフの皆様が大変積極的で、このような場で議論できたことは大変素晴らしい経験でした。また、別の若手会の運営に携わる人間として、当日の運営や旅費のサポートなど、スタッフの方々の運営手腕には感服いたします。このような機会を与えてくださった皆様に本当に感謝しています。私はいつか将来、様々な分野の研究者と力を合わせて大きなテーマに挑みたいと思っています。本会での繋がりがいつかそんな契機になることを願っています。

真流玄武
慶應大学 環境情報学部3年
今回は旅費のサポートを受け、初めて生命情報科学若手の会に参加させて頂きました。このような機会を与えてくださった、生命情報科学若手の会スタッフのみなさま、現地の会場スタッフの皆様、スポンサー各位に感謝申し上げます。
今回の研究会は専門分野がインフォマティクスから実験までと大きく異なるバックグラウンドを持った研究者が幅広く集まり、様々な視点からの議論が連日行われていました。それらの議論を聞く中で研究への問題意識や思考の柔軟性の重要さを学ぶことができた。また、それぞれの研究者の研究対象へのアプローチ方法とその研究の展開がユニークで、非常に刺激的な3日間でした。私自身、5分間のショートトークとポスター発表をさせていただき、さまざまなフィードバックをいただくことができました。参加者層も学部から助教、ポスドク、企業の方までと多様で、夜に行われた懇親会では学部生という身分であることから、研究に対する姿勢やキャリアパスに関して多くのアドバイスをいただくことができました。最終日に行われたワールドカフェでは現在の生命情報科学分野が抱える問題やこれからのあるべき姿に関して熱い議論をし、これからの生命情報科学がどのように進んでいくのか非常に楽しみになりました。

服部佑哉
広島大学大学院工学研究科・博士課程後期3年
私は,生物の運動を対象として,生物の細胞レベルの数理モデルを構築する研究を進めています.生命情報科学若手の会の研究会には,実験を行っている方たちの興味や,数理モデルを使っている方たちの生命科学へのアプローチ方法が知りたくて,今回初めて参加しました.参加者の研究対象やアプローチ方法が多岐にわたり,私にとっては少し難しい発表内容が多かったですが,質疑応答がとても活発で,生命情報科学の担い手という参加者の意識の高さに驚きました.研究発表以外にも,企業の方たちと対談する機会もあるランチョンセミナーや,生命情報科学の今後についてディスカッションするワールドカフェなど,面白くも非常に考えさせられる企画があり,充実した研究会でした.最後になりましたが,研究会への参加に際して,旅費の補助や手続きで,スタッフの皆様には大変お世話になりました.皆様に心から御礼申し上げます.


開催にあたって

生命情報科学若手の会は、情報学的視点から新しい生命現象の見方を探求する若手研究者の交流を推進することを目的としています。第4回目となる本研究会は、おかげさまで昨年のおおよそ2倍の規模になっています。

近年目覚ましい発展と普及を見せる新型シークエンサーやイメージング技術、そして大規模なモデリングやデータマイニングなど、生命科学において情報学的視点は不可欠なものになりつつあります。
この状況はある意味で半世紀前
の《分子生物学》の興隆に通ずるものがあり、近い将来、ありとあらゆる生物学の諸分野が、生命情報科学抜きには語れないものになるでしょう。
このような生
命情報科学の幅の広さは、本研究会における演題の多様性がまさに例示するものです。

多様性とは生物の本質の一つですが、研究分野が多様であるにも関わらず情報学的視点という一つの土台の上で議論できること、そして、スケールや対象は違えど生物の多様性を大量のデータから観察できることは、生命情報科学ならではの強みです。
また、分野自体がまだまだ《若い》生命情報科学では、事実上
「若手」こそがその開拓者です。
若手という単語を「セミプロ」のような免罪
符としてではなく、新たなパラダイムを切り開く現場にいる先駆者として意識し、本研究会を活気あふれる交流の中から生命情報科学という次世代の生物学について議論する場としていただければ何よりです。

本研究会を開催するにあたり、自然科学研究機構・基礎生物学研究所、新学術領域研究複合適応形質進化の遺伝子基盤解明、日本バイオインフォマティクス学会東北地域部会、そして10社の企業に共催・協賛など各種サポートをいただいております。この場を借りて厚くお礼申し上げます。

生命情報科学若手の会 スタッフ一同

開催プログラム

注:
仮決定版のプログラムであり、変更の可能性があります(2013/2/23更新)。
一般発表は20分(発表15分+質疑5分)、Short Talk (ST) は8分(発表5分+質疑3分)、Lightning Talkは3分となります。

3月1日(金)

13:15 - 13:30 開会の挨拶・諸連絡(年会代表:佐藤昌直・福島健児)

13:30 - 14:54 Session 1: メタゲノム・病態解析(座長:八谷剛史)
13:30 尾崎遼(東大) (タイトル非公開) [ST]
13:38 鈴木脩司(東工大) Suffix array を用いたタンパク質配列の相同性検索の高速化 [ST]
13:46 中村昇太(阪大) メタゲノミック診断法のハイスループット化 [ST]
13:54 出立兼一(アメリエフ株式会社) 超高速シーケンサーを用いた疾患関連遺伝子探索のデータ解析 [一般]
14:14 仲木竜(東大) マルコフクラスタリングの応用による高次複雑データのクラスタリングアルゴリズムの開発と、癌細胞中のパートナー転写因子とその機能の特定 [一般]
14:34 長井陽子(産総研) 関節リウマチの遺伝子多型データベースRAvariomeの構築 [一般]

15:05 - 15:57 Session 2: モデリング(座長:大上雅史)
15:05 小沢哲(奈良先端大) 事前知識を組み込んだ細胞の力推定手法 [ST]
15:13 服部佑哉(広島大) 線虫の実構造に基づいた咽頭筋の数理モデリングとシミュレーション [ST]
15:21 真流玄武(慶應大) 造血発生過程における細胞内分子ネットワークの数理モデルの構築 [ST]
15:29 梶田真司(東大) 免疫細胞による自己・非自己識別の数理モデル [ST]
15:37 奥田泰丈(香川大) 細胞計測のための動画像追跡手法 [一般]

16:05 – 17:09 Session 3: 進化(座長:岩崎渉)
16:05 野澤昌文(遺伝研) 異型性染色体はいかにして進化したのか?:遺伝子量補償の観点から考える [ST]
16:13 宮城竜太郎(首都大) Access Array System及び 454 GS junior を利用したショウジョウバエ自然集団内アレルサンプルの遺伝子発現解析 [ST]
16:21 鈴木彦有(東工大) 比較ゲノム解析で迫るアフリカ三大湖産シクリッドの進化メカニズム [ST]
16:29 堀之内貴明(理研) 大腸菌実験室進化によるエタノールストレス環境に対する適応過程のマルチオミックス解析 [一般]
16:49 赤司寛志(東北大) アノールトカゲにおける温度適応形質の遺伝基盤の解明 [一般]

17:20 – 18:45 Lightning Talk 1 & Poster session(座長:新土優樹)
17:20 入江直樹(理研) 進化の歴史に縛られたカメのボディプラン
17:23 萩原聖士(北大) チョウザメの性決定遺伝子・ウナギの卵質を規定する母性RNAの探索 —次世代シークエンサーを用いた挑戦への展望—
17:26 宮川一志(基生研) 単為生殖ミジンコの防御形態形成におけるリアクションノームの進化
17:29 細金正樹(東北大) がん遺伝子Rasによる転写変化後のH3K27me3修飾変化 ~2細胞間のヒストン修飾の比較について~
17:32 豊田賢治(総研大) ミジンコの環境依存型性決定機構の解明
17:35 大島一正(京都府立大) 植食性昆虫おける寄主転換の遺伝基盤解明へ向けたクルミホソガのゲノム解読
17:38 西宮攻(北大) 卵生脊椎動物におけるビテロジェニン分子の成立と進化の解明
17:41 遠藤友基(宇都宮大) 大規模ゲノム復元のためのde novo アセンブリアルゴリズムの開発
17:44 神庭圭佑(京大) 遺伝子発現を制御するヒト抗ウィルス因子APOBEC3Gの脱アミノ化反応のNMR実時間計測
17:47 福島健児(総研大) フクロユキノシタゲノムから迫る食虫植物の進化
17:50 川島武士(沖縄科学技術大) ヒメギボシムシ(Ptychodera. flava)のゲノム配列を手がかりに新口動物の起源を探る
17:53 中川草(ハーバード大) (タイトル非公開)
17:56 荒川和晴(慶應大) ヨコヅナクマムシはどのようにして生と死のはざまを生きるか
17:59 大上雅史(東工大) MEGADOCK 3.0:超並列タンパク質間相互作用予測システム
18:02 新土優樹(慶應大) (タイトル非公開)
18:05-18:45 以上15名によるポスター発表

18:50 - 19:20 ディナーセミナー1(座長:八谷剛史)
イルミナ株式会社

19:20 - 19:50 ディナーセミナー2(座長:佐藤昌直)
トミーデジタルバイオロジー株式会社

19:50 - 20:05 NGSテクノロジー総合ディスカッション(座長:荒川和晴)

3月2日(土)

09:00 - 10:24 Session 4: エピゲノム・RNA・代謝(座長:山岸潤也)
09:00 山下理宇(東北大) 翻訳されていない/翻訳されているRNAとそのデータベース作成 [ST]
09:08 嶋路耕平(京都工芸繊維大) ショウジョウバエヒストンメチル基転移酵素dG9aの遺伝学的相互作用因子の同定 [ST]
09:16 河口理紗(東大) RNAの二次構造に関する点突然変異解析 [ST]
09:24 脇坂啓子(京都工芸繊維大) キイロショウジョウバエP因子転位抑制とpiRNA [一般]
09:44 松本拡高(東大) (1) BS-Seqを用いたDNAメチル化状態の定量化手法の開発と、(2) 1細胞RNA-Seqを用いたガンゲノム進化解析法の提案 [一般]
10:04 梶畠秀一(阪大) 13C代謝フラックス解析のための解析ソフトウェア(MFmeter)の開発 [一般]

10:35 – 11:39 Session 5: ゲノム1(座長:西山智明
10:35 佐藤行人(東北大) 東北メディカル・メガバンクにおけるミトコンドリアゲノム解析基盤の構築 [ST]
10:43 宮本真理(CLCバイオジャパン) CLC Genomics Workbench を使いこなすと何ができるか [ST]
10:51 鈴木治夫(山口大) オリゴヌクレオチド組成に基づいたプラスミドの宿主域の予測 [ST]
10:59 前田太郎(基生研) 宿主からの単離・培養を必要としない共生菌のde novoゲノム解読法 [一般]
11:19 原雄一郎(産総研) 寄生性原虫の比較ゲノム解析 [一般]

11:50 – 12:50 ランチョンセミナー1(座長:荒川和晴)
BGI Japan 株式会社

13:00 – 14:16 Session 6: ゲノム2(座長:山下理宇)
13:00 千葉啓和(基生研) マルチプルアラインメントを用いたドメイン単位のオーソログ分類の改良 [ST]
13:08 西山智明(金沢大) 陸上植物に近縁な藻類:ジャジクモ藻類のゲノム解析 [ST]
13:16 柴田朋子(基生研) 一分子シークエンシングのためのDNA調製法の最適化 [ST]
13:36 田島直幸(東大) 単細胞紅藻チノリモ(Porphyridium purpureum)の葉緑体ゲノム解読および構造解析 [一般]
13:56 玉手智史(東北大) 哺乳類における重複遺伝子と生息環境多様性の関係 [一般]

14:30 - 15:46 Session 7: 形態形成(座長:川島武士
14:30 石東博(基生研) マウス卵管の上皮細胞シートの力学と形態形成 [ST]
14:38 川島一公(広島大) (タイトル非公開) [ST]
14:46 吉田裕司(奈良先端大) 神経突起形成関連酵素の情報抽出法 [一般]
15:06 藤田浩徳(基生研) 植物茎頂分裂組織パターンの数理モデル解析 [一般]
15:26 山田達也(奈良先端大) 膜電位に着目した成長円錐誘導の数理モデリング [一般]

16:00 - 17:00 招待講演 1: 京都大学 奥田覚さん(座長:福島健児
多細胞間の力学的相互作用に基づく三次元組織形成シミュレーション

17:10 - 18:10 招待講演 2: Harvard University 西田敬二さん(座長:中川草)
新しい生命体は新しい場を感知する、か?

18:20 - 19:20 Lightning Talk 2 & Poster session(座長:河野暢明)
18:20 長谷川優(北大) Applying single cell microinjection to elucidate the primary events of parasite-induced host cell reprogramming
18:23 栗崎政希(名市大) トランスクリプトームを用いた有鱗類の系統的位置付けの解析
18:26 山本宗隆(阪大) Identification of RNA targets of TDP-43 and FUS by PAR-CLIP: an investigation into the disease mechanism of ALS
18:29 河野暢明(慶應大) (タイトル非公開)
18:32 松波雅俊(北大) トランスクリプトーム解析で明らかになったエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構
18:35 岩崎渉(東大) 遺伝子の旅と地球の変動
18:38 佐藤昌直(基生研) ウイルスゲノム・遺伝子ネットワークを理解し、創り、そして新たな生物学的課題を生み出すための取り組み
18:41 山岸潤也(東北大) メタトランスクリプトーム:RNA-seqに基づくサンプル内ウイルス配列の解析
18:44 大林武(東北大) 共発現ネットワークは実在するのか
18:47 八谷剛史(岩手医科大) 震災コホートのエピジェネティクス研究
18:50-19:20以上10名によるポスター発表

19:20 - 21:10 全体ポスターセッション

3月3日(日)

09:00 - 09:56 Session 8: トランスクリプトーム・プロテオーム1(座長:大林武)
09:00 保坂碧(総研大) De novoトランスクリプトームアセンブルを利用したインプリント遺伝子同定法の検討 [ST]
09:08 孫建強(東大) リードカウントの正規化手法の改良 [ST]
09:16 寺田愛花(東工大) (タイトル非公開) [一般]
09:36 松井求(慶應大) 転写因子と転写制御ネットワークの段階的共進化 [一般]

10:10 - 11:10 Session 9: トランスクリプトーム・プロテオーム2(座長:松波雅俊)
10:10 永野惇(京大) 野外環境におけるトランスクリプトームを測り、予測し、デザインする [一般]
10:30 松崎芙美子(九大) (タイトル非公開) [一般]
10:50 岡村容伸(東北大) 遺伝子発現パターンの比較による遺伝子機能ごとの発現解析 [一般]

11:20 - 12:20 招待講演3: 徳島大学 堀川一樹さん(座長:佐藤行人)
多細胞システムにおける細胞個性の同定,計測,操作

12:30 - 13:30 ランチョンセミナー2(座長:八谷剛史)
タカラバイオ株式会社

13:40 - 15:00 全体企画 ワールドカフェ
テーブルディスカッションを通じて、生命情報科学の未来について話し合う企画です

15:00 - 15:15 閉会の挨拶・諸連絡(年会代表:佐藤昌直・福島健児)


共催

本研究会は 新学術領域研究 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 との共催となります。

後援

本研究会は 基礎生物学研究所 および 日本バイオインフォマティクス学会 東北地域部会 の後援を受けて開催いたします。

スポンサー

本研究会は以下のスポンサー各位のご援助を受けております。この場を借りて深く御礼申し上げます。

タカラバイオ株式会社

BGI Japan 株式会社

イルミナ株式会社

トミーデジタルバイオロジー株式会社

株式会社ダイナコム

スケーラブルシステムズ株式会社

スパイバー株式会社

日本SGI株式会社

和光純薬工業株式会社

日本ジェネティクス株式会社


「生命情報科学若手の会」では、第4回研究会を3/1(金)-3(日)愛知県岡崎市の岡崎コンファレンスセンターにて開催します。

近年、いわゆる生命情報科学分野の若手研究者のみならず、実験からのアプローチに軸足を置く若手研究者にとっても、「次世代シーケンサー」「様々な定量的解析(遺伝子・タンパク・細胞・組織レベル)」「ライブイメージングや画像情報解析」などの諸手法・ツール等の発展により、情報学的視点を備えての研究展開がさらに求められるようになってきています。

生命情報科学若手の会 第4回研究会では、上のように広い意味での生命情報科学へ『ぜひトライしたい』『すでに一線で研究展開している』『新しいアイデアを以ってアタックしている』若手研究者・大学院生の皆さんからの、ご参加と活気あふれる話題提供を募ります。

(昨年度の研究会(第3回)の様子は http://bioinfowakate.org/events/annualmeet2011 からご覧ください。)

なお、本年度の研究会では、「新学術領域・複合適応形質進化の遺伝子基盤解明 インフォマティクスオープンセミナー」との共催企画として、以下の方々による招待講演を予定しています。

徳島大学・堀川一樹先生
Harvard Medical School・西田敬二先生
京都大学再生医科学研究所・奥田覚先生

堀川先生からは、細胞が化学的シグナルを感知して秩序立って振る舞うメカニズムについて数理モデルを駆使した研究を、
西田先生からは、細胞が磁性を感知するメカニズムについて合成生物学から切り込んだ研究を、
奥田先生からは、発生における細胞間の力学的相互作用について3次元組織発生シミュレーションから迫る研究を、

それぞれ紹介していただく予定です。情報解析を組み入れたアプローチによって明らかとなった「細胞が場を感知するメカニズム」について、「若手の会」ならではの雰囲気を楽しみながら一緒に議論してみませんか?

研究会への参加を希望される方は、下記の募集案内に従って、2013年1月25日(金)までに応募してください。

【口頭・ポスター発表】

当研究会では,参加者全員に口頭発表とポスター発表をお願いしています。参加者の立場や希望に応じて、次の3つの形式からいずれかを選ぶことができます。

1)一般発表(15分程度)と全体ポスター発表
2)Short talk(8分程度)と全体ポスター発表
3)Lightning Talk(3分程度)と口頭発表直後の少人数ポスター発表(50分)

※3) は、実験をメインとするが情報解析の手法も取り入れたいと考えている方などを想定しています。

【参加費】

参加には事前登録が必要となりますが、参加費はなし(無料)です。
さらに、発表者の交通費・旅費は、基礎生物学研究所 共同利用研究(研究会)「生命情報科学若手の会第4回年会」からの支給を予定しています。
懇親会費として、2000円を当日徴収致します。

なお、予算や時間等の都合により発表者の人数を制限させていただくことがあります。またご自身の研究費を有する方には、自費でのご参加を願う場合もあります。ご了承ください。

【開催日程】

研究会の開催日時は、開始: 3/1 13:00、終了: 3/3 16:00 となる見込みです。

募集要項

参加・研究発表を希望される方は 2013年1月25日(金)までに

 - 発表タイトル・要旨(A4 1枚.こちらのdocフォーマットを使い,添付ファイルとしてお送り下さい.なお3MBを超えるファイルは送信エラーとなることがあります,その場合はお問い合わせください.)
 - 発表形態(一般発表/Short Talk/Lightning Talk)
 - 名前,メールアドレス,所属と身分,性別(宿泊手配の為)
 - 旅費に充てることが出来る研究費の有無
 - 旅費サポートを希望する場合は所属機関(所属キャンパス)の最寄りの駅名
- ゲストハウス(三島ロッジ)への宿泊を希望するか(宿泊費サポートを希望する場合は原則として三島ロッジ泊)
 - 発表タイトル・要旨のウェブ上での公開の可否
 - 個人ウェブページのURLや論文発表リスト

を  このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にして下さい までお送り下さい.

以下にメールテンプレートを用意してあります.コピーしてお使いください.

 -----------------------------------------------------
件名: 第4回研究会参加申込
-----------------------------------------------------
・氏名(ふりがな)
 
 
・性別
 
 
・メールアドレス
 
 
・所属,身分
 〇〇大学〇〇研究科.博士課程○年,等
 
・希望セッション
 一般発表/Short Talk/LightningTalk のいずれか

・発表タイトル
 
 
・発表タイトル・要旨のウェブ上での公開の可否
 可/タイトルのみ可/不可
 
・旅費に充てることのできる研究費の有無
 有/無
・所属機関(キャンパス)の最寄り駅(旅費サポートを希望する場合のみ)
・三島ロッジへの宿泊を希望するか(宿泊費サポートを希望する場合は原則として三島ロッジ泊)   希望する/希望しない
・個人ウェブページのURLや論文発表リスト等(有る場合)
 
 
-----------------------------------------------------
最後に,発表要旨の添付をお願い致します
(3MBを超えるファイルは送信エラーとなることがあります,その場合はお問い合わせください).